FileMaker + CDML でカスタムWebを作っていると、ユーザーインターフェースはCDMLのフォーマットファイルに、データとロジックはFileMakerデータベースに分かれます。しかしデータとロジックは一緒です。
FX.phpを使ってPHPでカスタムWebを作るとき、PHPにもロジックを書けてしまいます。気をつけないとPHPのファイルの中にユーザーインタフェースとロジックが混在してしまい、結局メンテナンスが難しくなってしまいます。
※どういったロジックをFileMaker側に持たせるか、あるいはPHP側に持たせるかは検討が必要なポイントですね。私のシステムの場合は、FileMaker単独で(webを介さずに)使用する場合もあるので、それに必要なロジックはすべてFileMaker側に実現しなければなりません。PHP側には、これまでCDMLでできなかったようなことに補足的に使ったり、web only の機能について使うことになるのではないかと思います。
PHPでModel-View-Controllerデザインパターンを実現するためのフレームワークのひとつが Mojavi http://www.mojavi.org/ です。Smarty などのテンプレートライブラリとも共存できます。
スタックアスタリスク【連載 】PHP用MVCフレームワーク Mojavi
第1回:フレームワークとMojavi
第2回:Mojaviのセットアップ
第3回:チャットアプリケーションを作成する
第4回:ValidatorとRendererを理解する
Mojaviについて日本語で詳しく解説された書籍はほとんどないようです。まだ新しい技術だからでしょうか。おすすめは「まるごとPHP vol.1」です。