そこで、これまでに読んだものの中で参考になりそうなものをいくつかご紹介します。（ただし、これが決定版、というものは無いようです。予めご了承ください。）
イキナリ英語の本になってしまいますが、この「Using Filemaker 7」は1000ページ以上、厚さ55mmという電話帳もびっくりな解説書です。
FileMaker 6 でのカスタムWebについて私が全幅の信頼を置いている名著（やはり英語ですが）「Advanced Filemaker Pro 6 Web Development」の著者である Bob Bowers も参加しています。
カスタムWebに関する解説は、Chapter 23 Custom Web Publishing にて約55ページを割いて、サンプルのデータベースに XSL を適用して、所期のWebサイトを実現する方法が丁寧に書かれています。また Chapter 22 FileMaker and Web Services にて XML による Webサービスについても解説されています。
もちろん、カスタムWebのみならず FileMaker 7 全般について、これ１冊でカバーする良い解説書だと思います。
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FX.php を使ったカスタムWebについては、前述の「Advanced Filemaker Pro 6 Web Development」に勝る本は見当たりません。詳しくはリンク先のエントリをご覧ください。
また、FileMakerから離れますが、一般的な XML/XSL について、その基礎と応用を学ぶには、「XML hacks―エキスパートのためのデータ処理テクニック」が参考になると思います。目次はこちら。
http://www.oreilly.co.jp/books/4873112214/toc.html
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ＸＭＬの「スゴさ」がよく分かる