FileMaker では、リレーション定義で使用する参照先あるいは参照元のフィールドに、改行区切りで複数の値をセットしておき、"=" で結合することによって、改行で区切られた「いずれかの値」に一致したレコードを抽出するというテクニックが使われることがあります。
これらのテーブルが MySQL に移行した場合、ODBC ドライバ経由は、例えば
SELECT id FROM table_b WHERE field_b = 'value_in_field_a';のような SQLステートメントを発行します。すなわち、改行コードを含めたフィールド全体の値が完全一致したレコードのみが抽出されることになり、これまでの FileMaker 上でのリレーションとは異なる結果となります。
こういったリレーション定義をしている場合は、外部 SQL データソースへ移行する前に、リレーション定義を複数のフィールドで構成するように分解する、等の準備が必要となります。
[03-11-2010 追記]
ちなみに、リレーションの参照元のテーブル table_a が FIleMaker 上にあり、被参照テーブル table_b が MySQL 上にある場合で、参照元の照合フィールド field_a が改行区切りのデータを持ち、被参照側の照合フィールド field_b がそれぞれ一つのデータを持っている場合、FileMaker は ODBC 経由で、
SELECT id FROM table_b WHERE field_b IN ('value1_in_field_a', 'value2_in_field_a', 'value3_in_field_a', 'value4_in_field_a');というような SQL ステートメントを発行してくれるので、FileMaker 内で動作していた多対多リレーションと同じ動作が期待できます。
ただし、参照元のテーブル table_a が MySQL 上に移行した場合は、上述のような注意が必要です。